К 2013 году инженеры Yamaha сделали старичку FJR 1300 косметический лифтинг лица и модернизировали большую часть внутренних узлов.
Новая генерация одного из лучших туристических мотоциклов выглядит значительно агрессивнее и современнее своего предшественника. В первую очередь, взгляд цепляется за измененные формы переднего обтекателя, новые фары со светодиодными габаритами и большое электрорегулируемое ветровое стекло. Немного изменилась форма боковых зеркал, а старые поворотники уступили место новым светодиодным. Также дизайнеры Yamaha пересмотрели форму сиденья и эргономику места водителя, изменив положение переключателей на руле, отвечающих за настройки подвески, отключение ручек с подогревом, регулировку ветрового стекла.
Возможно не столь заметные, но важные изменения конструкторы внесли в техническую составляющую FJR 1300 A/AS. 1298-кубовый мотор обзавелся электронной системой управления дроссельной заслонкой, круиз-контролем и изменяемыми режимами работы двигателя D-Mode. Мощность 146-сильного четырехцилиндрового двигателя стала еще более подконтрольной, благодаря появлению трэкшн-контроля, предотвращающего пробуксовку на грязном, холодном или мокром асфальте. Двигатель Yamaha FJR1300 также был модернизирован. Отныне на поверхность цилиндров нанесено износостойкое покрытием, аналогичное тому, что применяется при изготовлении моторов спортбайков R1 и R6. В угоду более эффективной работе двигателя, была перепроектирована и выхлопная система, избавившаяся от двух из четырех каталитических нейтрализаторов.
Как и предшественник, новый спорттурист FJR1300AS может быть укомплектован полуавтоматической коробкой передач. Японские инженеры изменили работу и данного узла, сделав ее более плавной и шустрой. Идя в ногу с современными тенденциями в сегменте туристических мотоциклов, на FJR появилась электронно-регулируемая подвеска. Путем нескольких манипуляций с установленным на руле пультом водитель волен выбрать один из четырех режимов работы: «водитель», «водитель с багажом», «водитель с пассажиром», «водитель с пассажиром и багажом». В каждом из режимов водитель имеет возможность произвести дополнительную корректировку, выбрав подрежим «soft», «standard» и «hard». В общей сложности подвеска имеет 12 различных вариантов настройки. Естественно, к мотоциклу предлагается широчайший ассортимент дополнительных аксессуаров: большого центрального кофра и сумки на бак до пассажирской спинки и глушителей Akrapovič с логотипом модели.